PCR primer

ผู้สื่อข่าวรายงานว่า เพจเฟซบุ๊ก Center for Medical Genomics หรือ ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ รพ.รามาธิบดี ได้โพสต์ข้อความระบุว่า นักวิทยาศาสตร์แอฟริกาได้ “อัปโหลด” รหัสพันธุกรรมทั้งจีโนม (whole genome sequence) ของไวรัสโคโรนา 2019 จำนวนกว่า 115 ตัวอย่างขึ้นบนฐานข้อมูลโควิดโลก “GISAID” เป็นที่เรียบร้อย เพื่อให้นักวิจัยทั่วโลกได้นำไปศึกษาวิจัย เพื่อพัฒนาการตรวจวินิจฉัยทางห้องปฏิบัติการ การป้องกัน และรักษา ทั้งนี้ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ รพ. รามาธิบดี ได้ดาวน์โหลดรหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของ "โอไมครอน" ทั้ง 115 ตัวอย่างมาทดสอบด้วยวิธีชีวสารสนเทศกับตัวตรวจตาม (PCR primer) ของชุดตรวจ PCR ที่ทาง WHO ให้การรับรอง ผ่านโปรแกรม “ “Nextclade” (https://clades.nextstrain.org/) ปรากฏว่าจากการวิเคราะห์ผลบน"คอมพิวเตอร์" (ซึ่งต้องยืนยันผลกับตัวอย่างเชื้อเป็นในห้องปฏิบัติการอีกครั้งหนึ่ง) พบว่าทั้ง 115 ตัวอย่างมีแนวโน้มว่าอาจเกิดปัญหาไม่มากก็น้อยกับชุดตรวจ PCR "บางยี่ห้อ" ไม่ใช่ทุกยี่ห้อที่ WHO ให้รายชื่อไว้ คืออาจให้ผลบวกน้อยทั้งที่มีเชื้อจำนวนมาก หรือเกิดผลลบปลอม (false negative) ขึ้นได้ ประเมินจากตัวตรวจตาม (PCR Primer) ของยี่ห้อดังกล่าวมีรหัสพันธุ์กรรมของตัวตรวจตาม (PCR Primer) ที่บ่งชี้ว่าอาจตรวจจับกับส่วนจีโนมของสายพันธุ์โอไมครอนได้ไม่ดีหรือจับไม่ได้เลยเนื่องจากไวรัสมีการกลายพันธุ์ไปมาก ดังนั้นศูนย์รับตรวจโควิด-PCR คงต้องระมัดระวังเลือกใช้ชุดตรวจ PCR ที่ผ่านการทดสอบว่าไม่มีปัญหาในการตรวจจับสายพันธุ์ “โอไมครอน” อย่างไรก็ดี ชุดตรวจ PCR ที่ใช้ตรวจไวรัสโคโรนา 2019 ส่วนใหญ่จะตรวจจีโนมของไวรัส 2-3 ตำแหน่งพร้อมกัน ไม่ได้ตรวจตำแหน่งเดียว หากพลาดไปบางตำแหน่ง ก็ยังมีตำแหน่งอื่นยืนยัน ทาง "WHO" เองก็สนับสนุนให้ปรับวิกฤตให้เป็นโอกาส ให้สังเกตุผลลบที่ขาดหายไปบางตำแหน่งบนยีน S ที่สร้างโปรตีนส่วนหนาม (S dropout) หากพบว่าขาดหายไปตรวจไม่พบ ให้สงสัยว่าอาจเป็นสายพันธุ์ "โอ ไมครอน"